Haciendo Ciencia Abierta

Clase 4

Ignacio Sarmiento-Barbieri

Gustavo Castillo Alvarez

2024-06-26

Requisitos para clase

• Tener instalado Git
• Tener instalado GitHub Desktop
• Tener cuenta en GitHub

Retomando clase anterior

Documentos Reproducibles

Nos quedó pendiente

• Demostración de Renku
• Insertar imágeness*
• Insertar tablas*
• Insertar referencias*

*Markdown

RenkuLab

• Creado en 2017 por el Swiss Data Science Center
• Plataforma web para manejar datos, código, flujos de trabajo, provenance, y entornos computacionales
• Podemos ejecutar sesiones de JupyterLab o RStudio
• Repasemos el Proyecto Transversal en RenkuLab y el RMarkdown

RenkuLab Demo

“los programas deben escribirse para que los lean las personas, y sólo de paso para que los ejecuten las máquinas” Abelson, et al (1996, pág. xxii) Structure and Interpretation of Computer Programs

Software de Control de Versiones

“Control” de versiones

• ¿Qué archivo abrirían para trabajar?
• ¿Cuál es la versión más reciente?

“Control” de versiones

• ¿Qué archivo abrirían para trabajar?
• ¿Cuál es la versión más reciente?

Con git

Control de versiones

Git

• Creado en el 2005 por Linus Torvalds, creador de Linux
• Primer commit
• Software de interfaz de línea de comandos (CLI de command-line interface), o de la “terminal”

Terminal y Emulador de Terminal

• Terminal: dispositivo físico para interactuar con la computadora: enviar y recibir datos
• Emuladores: software que simula el funcionamiento de la terminal
• Terminología: consola, CLI, terminal, shell

magick convert imagen_original.png -quality 75 imagen_mas_peque.jpg
echo "Pasó de 5.8Mb a 400Kb!"

Estados y secciones de un proyecto

Git tiene 3 estados principales:

1. Modificado ( modified )
2. Preparado ( staged )
3. Confirmado ( committed )

y 3 secciones principales:

1. El directorio de Git o Git directory
2. El directorio de trabajo o working directory
3. El árae de preparación o staging area

Lo esencial

Ejemplo

1. Modificamos el archivo, ej: añadir efectos fijos a una regresión panel
2. Lo agregamos al área de preparación con git add export_modelo1.do
3. Confirmamos el cambio con git commit -m "añadir efectos fijos"

Lo que se viene

Comandos de CLI:

git config -global user.name "Gustavo A. Castillo"
git config -global email "ga.castillo@uniandes.edu.co"
git config --list
git init
git status
git add .
git commit 
git checkout
git switch
git push
git pull

La mayoría de los comandos son de la forma

git <verbo> <opciones>

Git Demo

Repasemos

Todas las imagenes a continuación fueron tomadas del increíble artículo Understanding Git through images del usuario kataoka_nopeNoshishi.

Revisemos nuestro aprendizaje en 2 minutos

Pueden acceder desde sus celuares o aquí. Usen un nombre diferente. No pongan su nombre real.

¿Cómo acordarnos de todo esto?

• Practicar (vale la pena, al igual que acostumbrarnos a Markdown)
• Ver cheat sheet o ficha de ayuda de GitHub
• Algo saldrá mal, pero ayuda tener paciencia y usar las herramientas a nuestra disposición

GitHub/GitLab

• Colaborar en repositorios
• Almacenar repos en internet (no es para archivo, Clase05 )

GitHub Demo

Trunk-based development

• No hay ramas de larga duración
• Commits y merges a menudo

Recomendaciones

• Escribir/documentar para otros humanos (el “yo” dentro de 1 mes)
• Leer los manuales!!
• Las computadoras son nuestra herramienta